华体会登录口:GEO数据库简介(2018-06-03)

   刊发时间:2021-09-08 11:08:27   来源:华体会网站链接 作者:华体会电竞官网入口

  GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创立并保护的基因表达数据库。它创立于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,也便是说只要是现在现已宣布的论文,论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以经过这个数据库中找到。

  和pubmed相同,GEO数据库界面首要包含检索框、检索成果列表、检索成果限制选项、检索记载信息,等

  2.1 限制数据记载类型:首要数据导入类型首要分为四种:datasets、series、samples和platforms,可根据自己的需求挑选,最常用的是series数据集显现格局

  2.2 限制检测类型:要注意的是不同的试验检测类型不相同,比方DNA、mRNA、SNP、甲基化等等,在检索时就要结合自己的试验设计挑选相应的检测类型。

  2.3 限制作者:当想要检索某一个详细研究者宣布的文章相应的数据资料时,就可以在这里ADD作者的姓名来准确检索啦。

  2.4 限制物种来历:在挑选限制条件时,还有很重要的一项便是挑选检测样本的物种来历,比方人、小鼠、家兔、犬等等。

  2.5 限制层次类型:除了不同的物种外,假如想要查找某一层面基因表达的数据时,比方安排、细胞等等,在这里ADD想要的type就行。

  看到这个检索成果页面是不是觉得仍是无从下手呢?不要急,下面几张图告知你本来真的 so easy

 

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